القاب دیگری مانند شاکر و صابر و هادی نیز برای آن حضرت ذکر کرده‌اند که هریک بازگوینده صفتی از صفات آن امام بزرگوار بوده است. کنیه امام، ابوجعفر بود و نام مادر ایشان، فاطمه، دختر امام حسن مجتبی (ع)است. بنابراین نسبت آن حضرت از طرف مادر به سبط اکبر ؛ حضرت امام حسن (ع) و از سوی پدر به امام حسین (ع) می‌رسد. پدر بزرگوارشان حضرت سیدالساجدین، امام زین العابدین، علی بن الحسین (ع) است.
تولد حضرت باقر (ع) در سال 57 هجری در مدینه بود و در فاجعۀ جانگداز کربلا، همراه پدر و در کنار جدش حضرت سیدالشهدا(ع)، کودکی بود که به چهارمین بهار زندگیش نزدیک می‌شد. دوران امامت امام محمد باقر (ع) از سال 95 هجری- که سال درگذشت امام زین العابدین (ع) است- آغاز شد و تا سال 114 ه- یعنی مدت 19 سال و چند ماه- ادامه داشته است. در دوره امامت امام محمد باقر (ع) و فرزندش امام جعفرصادق (ع) مسائلی مانند انقراض امویان و بر سر کار آمدن عباسیان و پیدا شدن مشاجرات سیاسی و ظهور سردمداران و مدعیانی مانند ابوسلمه خلال و ابومسلم خراسانی و دیگران مطرح شد ، ترجمه کتابهای فلسفی و مجادلات کلامی در این دوره پیش آمد ، و عده‌ای از مشایخ صوفیه و زاهدان و قلندران وابسته به دستگاه خلافت پیدا شدند.
در این دوران قاضیان و متکلمانی به دلخواه مقامات رسمی و صاحب قدرتان پدید می‌آیند و فقه و قضاء و عقاید و کلام و اخلاق را ، بر طبق مصالح مراکز قدرت خلافت شرح و تفسیر می‌نمایند و تعلیمات قرآنی - به ویژه مسئله امامت و ولایت را، که پس از واقعه عاشورا و حماسه کربلا، افکار بسیاری از حق طلبان را به حقانیت آل علی (ع) متوجه کرده بود، و پرده از چهره زشت ستمکاران اموی و دین به دنیا فروشان برگرفته بود، به انحراف می‌کشاندند و احادیث نبوی را در بوته فراموشی قرار می‌دادند. برخی نیز احادیثی به نفع دستگاه حاکم جعل کرده و یا مشغول جعل بودند و یا آنها را به سود ستمکاران غاصب خلافت دگرگون میکردند. اینها عواملی بود بسیار خطرناک که باید حافظان و نگهبانان دین در برابر آنها می ایستادند .
بدین جهت امام محمد باقر (ع) و پس از وی امام جعفرصادق (ع) از موقعیت مساعد سیاسی، برای نشر تعلیمات اصیل اسلامی و معارف حقه بهره جستند، و دانشگاه تشیع و علوم اسلامی را پایه‌ریزی نمودند؛ زیرا این امامان بزرگوار و بعد شاگردانشان وارثان و نگهبانان حقیقی تعلیمات پیامبر(ص) و ناموس و قانون عدالت بودند، و می‌بایست به تربیت شاگردانی عالم و عامل و یارانی شایسته و فداکار دست یازند، و فقه آل محمد (ص) را جمع و تدوین و تدریس کنند. به همین جهت محضر امام باقر (ع) مرکز علما و اندیشمندان و راویان حدیث و خطیبان و شاعران بنام بود.
مدت 20 سال معاویه در شام و کارگزارانش در مرزهای دیگر اسلامی در واژگون جلوه دادن حقایق اسلامی - با زور و زر و تزویر و اجیر کردن عالمان خودفروخته - کوشش بسیار کردند. ناچار حضرت سجاد (ع) و فرزند ارجمندش امام محمد باقر (ع) پس از واقعه جانگداز کربلا و ستمهای بی‌سابقه آل ابوسفیان، که مردم به حقانیت اهل بیت عصمت (ع) توجه کردند، در اصلاح عقاید مردم به ویژه در مسئله امامت و رهبری، که تنها شایسته امام معصوم است، سعی بلیغ کردند و معارف حقه اسلامی را - در جهات مختلف - به مردم تعلیم دادند؛ تا کار نشر فقه و احکام اسلام به جایی رسید که فرزند گرامی آن امام، حضرت امام جعفرصادق (ع) حلقه درسی با 4 هزار شاگرد پایه‌گذاری نمود، و احادیث و تعلیمات اسلامی را در اکناف و اطراف جهان آن روز اسلام انتشار داد. امام سجاد (ع)با زبان دعا و مناجات و یادآوری مظالم اموی و امر به معروف و نهی از منکر و امام باقر(ع) با تشکیل حلقه‌های درس، زمینه این امر مهم را فراهم نمود و مسائل لازم دینی را برای مردم روشن فرمود. امام باقر (ع) موسس و بنیانگذار حوزه علمیه شیعه و نهضت فرهنگی انقلاب فرهنگی تشیع بود. ایشان شاگردانی مانند محمدبن مسلم، زراره بن اعین، ابوبصیر و برید بن معاویه را تربیت کرد که امام صادق (ع) فرمود: این چهار نفر مکتب احادیث پدرم را زنده کردند.
امام باقر، بنیانگذار نهضت فرهنگی تشیع راستین
امام باقر (ع) اگر چه بر اثر سلطه حکومت طاغوت‌ها، از نظر سیاسی منزوی بود و اعتراض‌های او به یک نهضت سیاسی همه جانبه برای سرنگونی رژیم بنی‌امیه نینجامید و با این که در این راه تا سر حد شهادت حرکت کرد، ولی او دریافته بود که فرهنگ تشیع در انزوا قرار دارد.
از این رو، لازم بود به یک انقلاب وسیع فرهنگی دست بزند و با تشکیل حوزه علمیه و تربیت شاگردان برجسته، فقه آل محمد(ص) و خط فکری تشیع را آشکار سازد. با توجه به این موضوع، زمینه خوبی برای مبارزه با طاغوتیان پدیدار شد. این مسئله در درازمدت، شیعیان را به صحنه می‌آورد و مکتب اهل‌بیت(ع) را زنده می‌کرد و با توجه به این که سنگ زیرین و اساس انقلاب و قیام، نهضت فکری و فرهنگی است، بر همین اساس امام باقر (ع) زمینه‌سازی بسیار عمیق و خوبی در این راستا کرد و پس از ایشان، فرزند برومندش امام صادق (ع) با تشکیل حوزه علمیه با 4 هزار نفر شاگرد، آن را به ثمر رسانید، و به عنوان یک دانشگاه عظیم اسلامی، در تاریخ اسلام آشکار و ماندگار ساخت.
در این حوزه، شاگردان برجسته دیگری تربیت شدند، از جمله: جابر بن یزید جعفی، ابان بن تغلب، کیان سجستانی، حمران بن اعین، سدیر صیرفی، ابوصباح کنانی، عبدالله بن ابی یعفور و... که هر کدام محدثی بزرگ و مجتهدی عالی مقام بودند و در نقل احادیث امام باقر (ع) و تشکیل فقه تشیع و زمینه‌سازی برای یک نهضت وسیع فکری و علمی، نقش بسزایی داشتند. مبارزه با یهود و القائات سوء آنها در فرهنگ اسلام، بخش مهمی از برنامه ائمه طاهرین (ع) به خصوص امام باقر و امام صادق(ع) را به خود اختصاص داده بود. مسئله دیگری که در زمان امام باقر و امام صادق(ع) رواج داشت، افکار غلط و انحرافی غالیان بود. برخی از آنها اخبار اهل‌بیت(ع) را دستکاری میکردند و چیزهایی را به ایشان نسبت می‌دادند که نفرموده بودند.
از جمله گروه‌های خطرناکی که آن روزها در جامعه اسلامی رسوخ کرده بودند و تأثیر عمیقی بر فرهنگ جامعه اسلامی بر جای گذاشتند، یهودیان بودند. احبار یهود که عده‌ای از آنها به ظاهر اسلام آورده و عده‌ای هنوز به دین خود باقی بودند، در بین مردم پراکنده بودند و مرجعیت علمی قشری از ساده‌لوحان را بر عهده داشتند. احادیث جعلی زیادی توسط آنان منتشر گردیده که در منابع روایی ما به «اسرائیلیات» معروف است.
این احادیث عمدتاً در رابطه با تفسیر قرآن و مراتب زندگی پیامبران گذشته، جعل شده است. از این رو، مبارزه با یهود و القائات سوء آنها در فرهنگ اسلام، بخش مهمی از برنامه ائمه طاهرین(ع) به خصوص امام باقر(ع) و امام صادق (ع) را به خود اختصاص داده بود. مسئله دیگری که در زمان امام باقر(ع) و امام صادق (ع) رواج داشت، افکار غلط و انحرافی غالیان بود. برخی از آنها اخبار اهل‌بیت (ع) را دستکاری میکردند و چیزهایی را به ایشان نسبت می‌دادند که نفرموده بودند.
مغیره بن سعید از جمله این افراد بود که مورد سرزنش امام (ع) قرار گرفت. آنها درباره حضرت علی(ع) و ائمه (ع) غلو میکردند و آن بزرگواران را تا حد الوهیت بالا می‌بردند.
امام باقر(ع) در این زمینه به شیعیانش چنین توصیه فرمود: «شیعیان، میانه رو باشید تا غالی (تندرونده و افراط کننده) به شما برگردد و تالی(عقب‌مانده) به شما برسد. مردی از انصار پرسید: غالیان چه کسانی هستند؟
حضرت فرمود: مردمی که درباره ما چیزهایی می‌گویند و اوصافی را به ما نسبت می‌دهند که خود درباره خویش نمی‌گوییم و نسبت نمی‌دهیم. آنان از ما نیستند و ما هم از ایشان نیستیم. سپس فرمود: ما به خدا نزدیک نشویم، جز با اطاعت او. هر که مطیع خدا باشد، ولایت ما برای او سودمند است. هر که از فرمان خدا سرپیچید، ولایت من برای او سودی ندارد. وای بر شما! فریب غالیان را نخورید، وای بر شما! فریب نخورید!...
فعالیت‌های سیاسی امام باقر(ع)
عده‌ای تصور می‌کنند امام باقر (ع) تنها به فعالیت‌های علمی می‌پرداخت و از اجتماع و هدایت جامعه و مبارزه با طاغوتیان کناره گرفته بود، در حالی که چنین نیست. نگاهی کوتاه به زندگی امام باقر(ع) و امام صادق (ع) نشان می‌دهد که هر چند این دو امام بزرگوار در آن برهه، بیان معارف واقعی اسلام را وجهه همت خویش قرار داده بودند و کار اصلی و اساسی خود را تدوین غنی و اصیل اسلام قرار داده بودند، در عین حال در هر فرصتی چهره زشت حاکمان ستمگر بنی‌امیه را افشا میکردند و همه شیعیان خود را به مبارزه با ستمگران تشویق میکردند. در روایتی از امام (ع) چنین نقل شده است: «علیه ظالمان و مفسدان، با دل و جان بستیزید.»
